変数
/*起動時のカレントディレクトリ*/
CHAR CurrentDirectory[_MAX_PATH];

やり方は簡単下の２行を付け足すだけ。
SetCurrentDirectoryでカレントディレクトリを指定する必要はあまりないのですが
開始するディレクトリを指定したい場合は呼び出して下さい

SetCurrentDirectory(CurrentDirectory);
ShellExecute(NULL,NULL,"command.com",NULL,CurrentDirectory,1);